一、元朝在新疆的行政建制
1221~1225年，设阿力麻里达鲁花赤、别失八里达鲁花赤、独山城达鲁花赤；
1251年，设别失八里等处行尚书省；
1278年，设称霍州畏兀按察司；
【资料图】
1280年，设畏吾境内交钞提举司。
1281~1286年，设北庭都护府，下辖阿力麻里、别失八里、和州、斡端四宣慰司；
1295年，设北庭都元帅府、曲先塔林都元帅府；
1330年，设哈喇火州总管府。
1、元朝在伊犁一带设置的「阿力麻里达鲁花赤」
九月二十七日，至阿里马城，铺速满（穆斯林）国王暨蒙古塔剌忽只（达鲁花赤）领诸部人来迎，宿于西果园。
2、元朝在昌吉一带设置的「别失八里达鲁花赤」
《元史·卷一百五十·列传第三十七》：赡德纳后亦弃金官来归，为别失八里达鲁花赤，卒。
3、元朝在昌吉一带设置的「独山城达鲁花赤」
《元史·列传第十一》：太祖西征还，见田野垦辟，民物繁庶，大悦。问哈剌亦哈赤北鲁，则已死矣。乃赐月朵失野讷都督印章，兼独山城达鲁花赤。
4、元朝在昌吉一带设置的「别失八里等处行尚书省」
《清史稿·卷七十六·志五十一》：元置三行尚书省，葱岭以东属巴什伯里行尚书省。
《西游录注》：元有别失八里行中书省。
《元史·本纪第三·宪宗》：以讷怀、塔剌海、麻速忽等充别失八里等处行尚书省事，暗都剌兀尊、阿合马、也的沙佐之。
5、元朝在吐鲁番一带设立的「畏吾境内交钞提举司」
《元史·本纪第十一·世祖八》：辛未，立畏吾境内交钞提举司。
6、元朝在昌吉一带设置的「别失八里和州等处宣慰司」
《元史·本纪第十二·世祖九》：立别十八里、和州等处宣慰司。
《元史·志第十五·地理六》：立别失八里、和州等处宣慰司。
7、元朝在和田一带设置的「斡端宣慰司」
《元史·志第三上·五行一》：斡端宣慰司刘恩进嘉禾，同颖九穗、七穗、六穗者各一。
8、元朝在昌吉一带设置的「北庭都元帅府」
《元史·本纪第十八·成宗一》：壬申，立北庭都元帅府，以平章政事合伯为都元帅，江浙行省右丞撒里蛮为副都元帅，皆佩虎符。
《清史稿·志五十一》：元，北庭都元帅府旧治，乾隆三十七年筑恺安城，四十一年设济木萨县丞，治恺安，属阜康。
《西游录注》：元于别失八里立北庭都元帅府，亦治于斯。
《钦定续文献通考》：臣等谨按以上北庭都元帅府及都沁哈喇伊图等八元帅府百官志并云……立北庭都元帅府以赫伯为都元帅色埒黙为副都元帅皆佩虎符。
《存研楼文集》：又置北庭都元帅府，都元帅二元帅二号，巴实伯哩古北庭都防地。
9、元朝在吐鲁番一带设置的「哈剌火州总管府」
《续资治通鉴·卷第二百六》：复立总管府于哈喇火州。
二、元朝在西域地区的驻军
1275年，驻军吐鲁番、伊犁；
1278年，驻军和田；
1280年，驻军昌吉；
1、元朝在昌吉（别失八里）一带的驻军
《元史·本纪第十一·世祖八》：命万户綦公直戍别失八里，赐钞一万二千五百锭。
《元史·志第十五·地理六》：以万户綦公直戍别失八里。
《西游录注》：以万户綦公直戍别失八里。
2、元朝在和田（斡端）一带的驻军
《元史·本纪第十·世祖七》：阿老瓦丁将兵戍斡端，给米三千石、钞三十锭。
《元史·志第四十七·兵二》：又发探马赤军一万人，及夔府招讨张万之新附军，俾四川西道宣慰使也罕的斤将之，戍斡端。
《元史·本纪第十·世祖七》：以忽必来、别速台为都元帅，将蒙古军二千人、河西军一千人，戍斡端城。
《清史稿·卷七十六·志五十一》：以忽必来别速台为都元帅，戍斡端城，二十六年罢。
3、元朝在吐鲁番（火州）一带的驻军
《元史·卷一百二十二·列传第九》：八卜叉公主薨，复尚公主曰兀剌真，安西王之女也。领兵火州，复立畏兀儿城池。
4、元朝在伊犁（阿力麻里）一带的驻军
《元史·列传第八·太宗诸子》：世祖命北平王那木罕驻阿力麻里，以御海都，复命丞相安童辅之。
三、元朝在西域地区的屯田
1286年，屯田伊犁；
1288年，屯田和田；
屯田昌吉、阿勒泰时间不详。
1、元朝在昌吉（别失八里）一带的屯田
《新元史·志第二十三·百官二》：左、右翼屯田万户府二。秩从三品。分掌斡端、别十八里遣归汉军及大名、卫辉之新附军并迤东回军，合为屯田万户府。
2、元朝在伊犁（亦里黑）一带的屯田
《元史·本纪第十四·世祖十一》：（至元二十三年，1286）徙戍甘州新附军千人屯田中兴，千人屯田亦里黑。
3、元朝在和田（斡端）一带的屯田
《元史·本纪第十五·世祖十二》：（至元二十五年，1288）命斡端戍兵三百一十人屯田。
《元史·本纪第十五·世祖十二》：（至元二十五年，1288）以忽撒马丁为管领甘肃陕西等处屯田等户达鲁花赤，督斡端、可失合兒工匠千五十户屯田。
4、元朝在阿勒泰（阿鲁欢）一带的屯田
《元史·列传第七》：命屯田于阿鲁欢，立镇海城戍守之。